Chùa Pháp Hoa là một ngôi chùa được Hòa thượng Đạo Hạ Thanh người Quảng Nam thành lập năm 1928, năm Mậu Thìn. Trước đây, chùa chỉ có mái tranh, vách ván, được xây dựng tại vùng thôn quê thuộc ấp Đông Sơn Nhì, xã Phú Nhuận, quận Tân Bình, tỉnh Gia Định, nay là phường 4, quận Phú Nhuận, Thành phố Hồ Chí Minh.
Năm 1932 (năm Nhâm Thân) chùa được trùng tu có mái ngói tường vôi. Nhờ công Hòa thượng Đạo Hạ Thanh bốc thuốc giúp dân nên thu hút được nhiều người đến học. Trong hai cuộc chiến, chiến tranh Đông Dương và chiến tranh Việt Nam, một số người lính cộng sản đã hoạt động bí mật trong chùa. Nơi đây có căn hầm bí mật được xây dựng từ năm 1945 để nuôi giấu cán bộ cách mạng, có bức chân dung Chủ tịch Hồ Chí Minh được truyền thần từ những ngày đại tang của đất nước. Đặc biệt nơi đây có ngôi mộ của nhà sư – chiến sĩ Thiện Chiếu và còn có nhà bia tưởng niệm các chiến sĩ Quyết tử biệt động thuộc đặc khu Sài Gòn – Chợ Lớn.
Năm 1932 (năm Nhâm Thân) chùa được trùng tu có mái ngói tường vôi. Nhờ công Hòa thượng Đạo Hạ Thanh bốc thuốc giúp dân nên thu hút được nhiều người đến học. Trong hai cuộc chiến, chiến tranh Đông Dương và chiến tranh Việt Nam, một số người lính cộng sản đã hoạt động bí mật trong chùa. Nơi đây có căn hầm bí mật được xây dựng từ năm 1945 để nuôi giấu cán bộ cách mạng, có bức chân dung Chủ tịch Hồ Chí Minh được truyền thần từ những ngày đại tang của đất nước. Đặc biệt nơi đây có ngôi mộ của nhà sư – chiến sĩ Thiện Chiếu và còn có nhà bia tưởng niệm các chiến sĩ Quyết tử biệt động thuộc đặc khu Sài Gòn – Chợ Lớn.[1]
Năm 1962 (năm Nhâm Dần), Hòa thượng Đạo Hạ Thanh mất.
Năm 1965 (năm Ất Tỵ), chùa lại được trùng tu nhờ sự đóng góp của phật tử từ nhiều nơi do đệ tử kế thừa Như Niệm quản lý. Từ đó, chùa được tiếp tục cải thiện đến kết quả ngày nay. Hiện nay, Tỳ Kheo Thích Như Niệm trụ trì chùa.
Năm 2015, Chùa Pháp Hoa được Trung tâm Bảo tồn di tích – Sở Văn hóa – thể thao Thành phố Hồ Chí Minh, Hội đồng xét duyệt di tích Thành phố Hồ Chí Minh công nhận di tích lịch sử tại Thành phố Hồ Chí Minh